Signal 126? Error in the first vertex readout

Hi, Im trying to perform partitioning of my 148 vertex adjacency matrix. I have defined the graph input as in the manual. But Im facing a problem. Everytime I try to run the gpmetis, Im becoming the same output:

Premature end of input file while reading vertex 1.
gpmetis -ufactor 50 Graph.txt 2: Signal 126

Any idea why Im becoming this output?

My first line just consist on the number of the adjacent vertex and the weight with this connection, and so for all of them.

Thanks in advance

Jose

Submitted by dicaincadi on Tue, 2012-02-14 12:13

RE: Dear experts, again with the same problem

I executed the examples from the manual, just to check that it was not a problem from the software (compilation) in my machine and it worked.
Im still trying to run gpmetis with the next input file. In it, I defined each edge twice as mentioned in the manual. I do not know what else to do. I dont find any space or return within the file. What can I try? The first time I wrote I was told that it worked correctly, but why it isn't working with me.

Thanks in advance
Jose

InputFile

88 1980 001 0
2 70 4 15 5 34 6 27 7 32 8 20 9 38 10 33 11 55 13 63 14 36 15 30 17 26 18 18 19 72 20 54 21 20 22 23 29 21 30 21 37 5 38 28 39 34 40 28 41 27 42 25 43 12 44 5 45 18 46 21 47 35 48 27 49 20 50 32 51 34 52 33 53 31 54 29 55 38 56 37 57 49 58 46 59 65 60 41 61 61 62 20 63 22 67 4 69 47 70 64 71 26 72 27 73 20 74 21 76 18 77 42 79 20 81 28 82 22 84 20 85 23 87 36 88 32
1 70 5 29 6 26 7 31 8 47 9 35 10 38 11 38 12 25 13 20 14 54 15 16 17 35 18 52 19 63 20 75 22 25 29 33 30 55 37 2 38 15 39 27 40 29 41 32 42 51 43 21 44 18 45 18 46 25 47 27 48 19 49 26 50 11 51 9 52 10 53 18 54 14 55 33 56 33 57 37 58 37 59 60 60 57 61 34 62 57 63 36 64 52 69 22 70 37 71 23 72 29 73 24 74 30 76 20 77 31 79 30 81 24 82 32 87 24 88 26
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1 15 3 60 7 23 8 53 11 17 12 30 14 20 15 27 16 47 19 18 21 18 23 47 24 72 25 26 26 41 27 20 28 19 31 26 32 40 33 21 34 34 35 48 36 45 43 16 44 23 45 17 48 18 61 18 62 23 65 24 66 69 67 37 68 57 83 6 84 29 87 21 88 28
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RE: Why don't you post your 149

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RE: Input File

Here it goes..

148 3376 001 0
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1 200 2 158 3 168 4 209 5 199 6 184 7 188 8 3 9 251 10 244 11 182 12 180 14 161 15 233 16 258 19 151 21 208 22 167 23 177 24 483 25 417 26 390 27 401 28 466 29 9 31 192 32 199 35 162 37 418 38 241 39 238 40 419 41 407 42 168 46 17 55 256 56 378 58 161 60 172 61 226 62 222 65 216 66 500 67 180 68 242 74 199 77 178 78 176 79 175 81 241 82 204 83 470 84 258 85 419 87 610 88 648
1 195 3 354 4 334 5 585 6 163 7 402 8 141 9 561 10 329 11 278 12 319 13 575 14 292 15 657 16 595 19 224 23 471 24 575 25 196 26 156 27 383 28 266 29 30 30 7 31 259 32 110 33 126 34 41 36 201 37 238 39 159 40 161 41 189 42 261 55 297 56 153 61 569 62 375 63 286 64 35 65 564 66 547 67 97 68 32 69 175 81 290 82 344 83 402 84 379 85 515 86 610 88 853
1 150 3 301 4 342 5 587 6 368 7 363 8 374 9 413 10 382 11 210 12 305 13 267 14 291 15 372 16 601 23 344 24 616 25 207 26 361 27 448 28 455 31 205 32 277 33 63 34 73 36 214 37 291 38 269 40 198 41 182 42 254 55 234 56 149 60 167 61 366 62 567 63 44 64 103 65 512 66 707 67 270 68 334 81 287 82 131 83 525 84 535 85 439 86 648 87 853

Submitted by dicaincadi on Thu, 2012-02-16 04:44.

RE: The 2nd number is not

The 2nd number is not correct. It should be the number of edges in the undirected sense. As far as the premature end of line warning, I did not get it when tried to read the graph.

Submitted by karypis on Thu, 2012-02-16 21:01.

RE: Ok, sorry. The second number

Ok, sorry. The second number must be the half as it is supposed to be the number of edges in an undirected sense.

Then, I have to write all vertex connected to a node, twice or just once is enough? (New input file as follows)

148 1688 001 0
2 618 4 226 7 445 8 289 10 182 11 614 12 548 13 544 14 302 16 180 17 159 18 184 19 749 20 622 29 469 30 292 33 191 34 260 41 184 57 426 58 327 59 450 60 204 61 533 63 602 64 234 69 383 70 193 74 384 79 237 80 254 81 155 82 203 83 279 84 115 86 200 87 195 88 150
4 195 7 180 8 197 9 166 10 166 11 245 12 471 13 198 14 416 16 190 17 515 18 593 19 493 20 593 29 254 30 390 34 170 41 162 44 204 45 252 46 248 47 165 48 168 51 197 52 207 53 213 55 171 56 211 57 667 58 789 59 445 60 245 61 150 63 336 64 349 69 253 70 230 74 186 77 167 78 204 79 452 80 395 83 190 84 207 86 158
4 554 5 619 6 161 7 662 8 280 9 311 10 39 11 205 13 186 15 581 16 217 19 254 20 185 21 179 22 161 23 713 24 325 25 489 26 253 27 200 28 268 29 214 31 678 32 374 33 300 34 321 35 248 36 237 37 220 39 151 40 168 41 171 42 261 43 177 44 175 47 158 61 294 62 262 65 550 66 284 67 347 68 291 71 167 73 187 74 157 81 230 83 237 84 45 85 217 86 168 87 354 88 301
5 352 6 368 7 648 8 684 9 311 10 276 11 277 12 275 13 223 14 244 15 292 16 230 19 312 20 263 22 150 23 237 24 287 26 350 27 196 28 192 29 287 30 112 31 285 32 562 33 309 34 384 36 225 41 225 42 254 58 155 60 399 61 473 62 586 63 254 64 272 65 182 66 524 67 309 68 543 71 160 72 170 73 220 74 240 76 190 79 34 80 3 81 287 82 68 83 119 84 283 86 209 87 334 88 342
6 375 7 390 8 149 9 611 10 287 11 215 12 47 13 276 14 35 15 598 16 468 19 2 23 481 24 432 25 199 26 156 27 475 28 552 29 251 30 88 31 431 32 320 33 328 34 337 35 203 36 280 42 268 61 330 62 347 63 79 64 68 65 542 66 307 67 344 68 313 79 170 80 220 81 274 82 313 83 322 84 308 85 475 86 199 87 585 88 587
7 327 8 643 9 333 10 640 12 234 14 274 15 127 16 294 19 152 22 185 24 277 26 209 27 204 28 209 29 219 30 274 31 236 32 331 33 279 34 512 36 272 41 36 42 256 61 245 62 535 63 246 64 474 66 211 67 243 68 468 79 179 80 186 81 258 82 269 83 99 84 260 86 184 87 163 88 368
8 636 9 377 10 306 11 296 12 356 13 533 14 340 15 371 16 316 19 493 20 242 23 166 24 191 29 339 30 330 31 231 32 291 33 341 34 389 41 200 42 225 44 161 59 253 61 773 62 345 63 345 64 345 65 156 66 248 67 308 68 263 71 224 72 229 73 303 74 179 80 63 81 260 82 113 83 135 84 178 86 188 87 402 88 363
9 331 10 654 11 310 12 633 13 139 14 614 16 76 19 281 20 465 24 2 29 341 30 343 31 184 32 471 33 296 34 644 36 169 41 35 42 237 58 157 60 481 61 388 62 660 63 360 64 665 66 236 67 239 68 519 73 164 74 393 76 220 79 222 80 245 81 281 82 306 83 51 84 346 86 3 87 141 88 374
10 597 11 5 12 110 13 285 14 278 15 670 16 412 23 151 24 272 26 154 27 174 28 203 29 48 30 65 31 191 32 91 33 255 34 278 41 195 42 222 48 180 54 187 60 154 61 351 62 330 63 258 64 274 65 181 66 288 67 268 68 267 79 12 80 218 81 234 82 283 83 169 84 148 85 222 86 251 87 561 88 413
12 417 13 177 14 498 15 307 16 348 24 249 28 177 30 189 32 174 34 189 42 42 53 161 58 171 59 150 60 533 61 344 62 597 63 180 64 218 66 240 68 185 82 176 83 38 84 225 86 244 87 329 88 382
12 543 13 683 14 331 15 370 16 220 18 164 19 627 20 359 23 161 29 608 30 323 31 347 32 208 33 301 34 332 41 186 42 220 58 162 61 266 62 199 63 525 64 130 67 20 71 231 72 237 73 172 74 173 79 241 80 272 81 461 82 334 83 626 84 342 86 182 87 278 88 210
13 417 14 823 15 235 16 296 19 530 20 539 29 648 30 602 32 177 33 344 34 529 41 214 42 238 58 179 60 162 61 519 62 335 63 654 64 656 68 217 74 210 79 306 80 354 81 313 82 384 83 411 84 418 86 180 87 319 88 305
14 431 15 640 16 573 19 273 20 255 23 251 24 169 29 405 30 394 32 11 33 343 34 61 41 196 42 212 61 558 62 83 63 427 64 190 65 172 67 200 71 183 72 170 79 31 80 151 81 253 82 376 83 545 84 384 87 575 88 267
15 228 16 296 19 234 20 258 29 433 30 442 32 172 33 345 34 513 41 255 42 229 58 167 60 149 61 305 62 299 63 669 64 752 67 179 68 187 79 337 80 379 81 310 82 381 83 394 84 403 86 161 87 292 88 291
16 712 19 186 21 152 23 586 24 488 25 161 27 406 28 413 29 246 30 55 31 278 32 148 33 290 34 40 37 172 40 174 41 177 42 208 61 333 62 109 63 208 65 486 66 243 67 252 69 171 70 188 81 265 82 285 83 278 84 17 85 400 86 233 87 657 88 372
23 248 24 581 25 188 27 188 28 235 29 257 30 267 32 170 33 249 34 50 37 150 40 173 41 164 42 184 61 298 62 302 63 247 64 103 65 440 66 370 67 6 79 188 80 52 81 214 82 303 83 531 84 310 85 442 86 258 87 595 88 601
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22 722 23 500 24 424 25 480 26 555 27 233 28 231 31 511 32 207 35 153 37 428 38 485 39 245 40 378 41 453 42 465 43 208 44 381 47 233 48 193 49 182 50 207 51 197 52 186 53 157 55 434 56 226 57 161 65 224 66 186 69 194 70 187 71 385 72 198 73 226 74 186 78 166 85 179 86 208
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24 733 25 708 26 470 27 437 28 489 31 636 32 265 35 520 36 170 37 426 38 188 39 340 40 170 41 159 55 171 65 811 66 370 67 175 69 154 71 310 72 149 83 183 85 407 86 177 87 471 88 344
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26 774 27 490 28 620 31 540 32 233 35 436 37 557 38 472 39 247 40 223 43 394 44 168 47 158 50 171 51 209 55 355 56 190 65 584 66 414 68 153 69 159 85 259 86 417 87 196 88 207
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86 419 87 515 88 439
87 610 88 648
88 853

Submitted by dicaincadi on Mon, 2012-02-20 04:42.

RE: Problem Solved

The problem was that I tried to define the input file, just with returns (\r) without introducing the new line character (\n). NOW IT IS SOLVED.
Next versions maybe should consider both possibilities. That is using just one of the two characters, or both of them.

Submitted by dicaincadi on Wed, 2012-02-29 08:52.

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